La Fondation Grancher est dirigée par un Conseil d’Administration composé de douze membres bénévoles, dont quatre représentent le collège des fondateurs et huit sont des personnalités qualifiées cooptées. Nommés pour six ans, renouvelés par moitié tous les trois ans, ces administrateurs définissent les orientations stratégiques, approuvent les comptes et votent le budget. Un commissaire du gouvernement, désigné par le ministre de l’Intérieur, veille au respect des statuts et à l’utilité publique de la Fondation. Le conseil élit également un Président et un Bureau pour un mandat de trois ans renouvelable, assurant la mise en œuvre des politiques et le contrôle de la gestion.